Система исполнения наказаний в Кыргызстане за три десятилетия несколько раз меняла свое название и ведомственную подчиненность.

28 мая 1991 года в республике было создано Управление исполнения наказаний. Спустя два года, 4 июня 1993-го, его преобразовали в Уголовно-исполнительное управление.

14 апреля 1995 года система исполнения наказаний вошла в структуру Министерства внутренних дел, получив статус Главного управления исполнения наказаний МВД КР.

Однако в 2002-м функции исполнения наказаний были переданы Министерству юстиции. Это произошло на основании постановления правительства № 391 от 20 июня 2002 года, в результате которого Главное управление исполнения наказаний было выведено из состава МВД.

Следующим этапом реформ стало создание Государственной службы исполнения наказаний (ГСИН) при правительстве КР. Она была учреждена 26 октября 2009 года указом президента КР. В состав новой службы вошли Департамент исполнения наказаний и Департамент по охране исправительных учреждений и конвоированию осужденных и лиц, находящихся под стражей.

4 октября 2011 года правительство КР постановлением № 611 провело реформирование центрального органа уголовно-исполнительной системы. В результате был упразднен Департамент исполнения наказаний, а ГСИН получила единую структуру.

Последнее изменение в подчиненности службы произошло 6 ноября 2021 года. В соответствии с постановлением кабинета министров КР № 242 система исполнения наказаний была вновь передана Министерству юстиции и стала называться Службой исполнения наказаний (СИН).

Отметим, что сегодня президент Садыр Жапаров подписал указ, согласно которому на базе Службы исполнения наказаний при Министерстве юстиции создана Государственная служба исполнения наказаний при кабинете министров.

Кроме того, Служба охраны и конвоирования при Минюсте переименована в департамент охраны и конвоирования Государственной службы исполнения наказаний.